Nitra Knights funguje na základe dvojúrovňového riadiaceho modelu, ktorý oddeľuje športovú a obchodnú sféru klubu.

Športovú a spolkovú stránku zastrešuje občianske združenie Nitra Knights – klub amerického futbalu. Najvyšším orgánom združenia je valné zhromaždenie členov, ktoré volí a kontroluje výkonný orgán - Predstavenstvo klubu. Predstavenstvo zodpovedá za strategické rozhodovanie v oblasti športového rozvoja, fungovania tímu a interného riadenia klubu.

Marketingovú a obchodnú stránku má na starosti spoločnosť Nitra Knights Marketing s. r. o., ktorá plní úlohu profesionálneho zázemia klubu. Táto spoločnosť je zodpovedná za budovanie a prezentáciu značky Nitra Knights, organizáciu domácich zápasov a zaisťovanie finančných zdrojov potrebných na ďalší rozvoj klubu. Jej cieľom je vytvárať podmienky pre dlhodobú stabilitu a rast klubu nielen na ihrisku, ale aj mimo neho.

Táto dvojúrovňová štruktúra umožňuje Nitra Knights profesionálne spravovať obe kľúčové dimenzie moderného športového klubu – a to so zodpovednosťou, transparentnosťou a zameraním na budúcnosť.